收藏级！分子互作实验常用数据库、软件工具大合集（附链接）

在分子生物学的广袤领域中，深入理解分子间的相互作用对于揭示生命奥秘、攻克疾病难题以及开发创新疗法至关重要。今天，为大家精心整理了一份分子互作实验常用数据库及软件工具大合集，助力科研工作者在探索分子世界的道路上畅通无阻。

1. STRING

●简介：作为蛋白相互作用领域的老牌数据库，STRING 以其可靠的数据而闻名。它整合了多方面的数据来源，包括实验数据、从 PubMed 摘要中挖掘的结果、综合其他数据库数据以及生物信息学预测结果。该数据库覆盖物种极为广泛，互作信息丰富。

●使用方法：用户可输入蛋白质名称或序列（支持单个或多个蛋白）。输入基因名称后，能获得直观的蛋白互作网络图，图中圆圈节点间的直线代表蛋白间的相互作用关系，点击直线可查看详细信息。不同颜色直线对应不同相互作用关系证据来源，涵盖直接物理相互作用及间接功能相关性。

●网址：string - db.org/

2. IID

●简介：IID 是一个能够精确到器官特异性的蛋白相互作用数据库，收录了 18 个物种（含人类、5 个模式生物和 12 个驯化物种）中检测到和预测到的蛋白质 - 蛋白质相互作用（PPIs）。其为蛋白互作注释了全面信息，包括发生条件（如发育阶段、组织）、跨物种保护、方向性、可药用性、持续时间以及在多蛋白复合物中的相互作用情况。

●使用方法：通过特定的搜索界面，输入目标蛋白或物种相关信息，即可获取对应蛋白互作数据及详细注释。

●网址：iid.ophid.utoronto.ca/

3. BioGRID

●简介：BioGRID 是生物医学互动库，通过全面管理工作汇编数据。目前索引版本为 4.4.235，检索了大量出版物，涵盖众多蛋白质和遗传相互作用、化学相互作用及主要模式生物物种的翻译后修饰。所有数据免费提供搜索索引，并支持多种标准格式下载。

●使用方法：在搜索栏输入基因或蛋白名称，选择对应物种，提交搜索后可查看哪些基因具有相互作用，以及相互作用是基于实验还是预测。

●网址：thebiogrid.org/

1. JASPAR

●简介：JASPAR 是开源的转录因子结合位点信息数据库，以 position frequency matrices（PFMs）和 TF flexible models（TFFMs）形式记录了 6 大类物种转录因子的 DNA 结合偏好信息，这些信息可转换为位置权重矩阵（PWMs）用于扫描基因组序列。核心数据库 JASPAR CORE 涵盖脊椎动物、昆虫、线虫、真菌、植物和尾索动物等物种类群。

●使用方法：在数据库界面选择对应物种分类，输入相关转录因子或 DNA 序列信息，即可查询转录因子与 DNA 结合位点 motif 数据。

●网址：jaspar.elixir.no/

2. Harmonizonme

●简介：Harmonizonme 整合数十年研究成果，将基因和蛋白质信息从众多在线资源汇总到在线数据库。重点构建基因与基因、属性与属性的相似性网络，能直接提供靶基因数据，可在线浏览特定转录因子的靶基因，也方便下载数据集。

●使用方法：通过搜索功能，输入转录因子名称，即可获取其靶基因相关信息及下载链接。

●网址：maayanlab.cloud/Harmonizome/

3. TRRUST

●简介：TRRUST 是人工管理的人类和小鼠转录调控网络数据库。当前版本分别包含大量人类 TF 和小鼠 TF 的 TF - 靶标调控关系，这些关系来源于 pubmed 文章中的小规模实验研究。数据库运用文本挖掘方法从海量文章中搜索监管关系，并提供调节模式（激活或抑制）信息。

●使用方法：选择物种（人类或小鼠）后，输入转录因子名称，可查询转录因子对应的靶基因及转录因子间的调控关系和调节模式。

●网址：www.grnpedia.org/trrust/

4.AnimalTFDB v4.0

●简介：AnimalTFDB v4.0 对 97 个动物基因组的转录因子（Transcription Factor）和转录辅助因子（Transcription cofactor）进行归纳整理。基于 DNA 结合结构域，将动物转录因子分成 73 个基因家族，转录辅助因子分成 83 个基因家族，并对它们进行了详细分类。

●使用方法：点击Predict TF跳转到转录因子预测页面，在文本框中输入fasta格式（fasta格式： 大于号 > 后紧跟序列名，换行后是序列）的蛋白序列信息（只支持蛋白序列文件），再点击Submit按钮即可将任务提交给后台运行，如果序列数据不多很快就可以反馈结果。

5. hTFtarget

●简介：该数据库收录了多种细胞系、组织或细胞及干预因素条件下的大量实验样本大规模 ChIP - Seq 数据中 TFs 相关信息。其 TFs 靶基因数据基于 ChIP - Seq 数据分析和 TFBSs 分析两方面结果。

●使用方法：在数据库中输入转录因子信息，可通过转录因子预测靶基因。

●网址：guolab.wchscu.cn/hTFtarget/#!/search

1. catRAPID

●简介：catRAPID 是专门用于计算蛋白和 RNA 结合特性的工具，可从 RNA 或蛋白入手进行相应预测，在 lncRNA 研究等领域有重要应用。

●使用方法：在其操作界面，选择从 RNA 或蛋白方向进行分析，输入对应的 RNA 序列或蛋白信息，即可启动预测流程并获取结果。

●网址：service.tartaglialab.com/page/catrapid_group

2. StarBase v3.0

数据规模：整合 327 套 CLIP-seq 数据，覆盖 110 万 + RNA - 蛋白互作，支持人、鼠、果蝇等物种。

核心功能：

CLIP-seq 数据分析：通过整合 HITS-CLIP、PAR-CLIP 等数据，鉴定 RNA 结合蛋白（RBP）的结合位点。

泛癌症分析：基于 TCGA 数据，分析 RNA - 蛋白互作在 32 种癌症中的差异表达。

多组学整合：结合 RNA-seq、miRNA-seq 数据，预测 RBP 与疾病相关的体细胞突变关联。

点击网址：starbase.sysu.edu.cn/ ，进入官方主页可以看到：在主页面最上方，有序的排列着九个功能子菜单；中间部分安排着是对Starbase 数据库的介绍。

miRNA-Target：主要用来预测预测miRNA 的靶基因。提供 miRNA-mRNA、miRNA-lncRNA、miRNA-pseudogene、miRNA-circRNA 和 miRNA-sncRNA 五种的相互作用网络。

Degradome-RNA：提供了一种分析RNA 降解模式的综合方法。

RNA-RNA：主要进行全面预测候选ncRNA 及其靶标之间的 RNA-RNA 相互作用。

ceRNA-Network：包含3个子模块，即mRNA-ceRNA、lncRNA-ceRNA 和 pseudogene-ceRNA。分别用于通过竞争性结合 microRNA 来可视化 mRNA，lncRNA，转录的假基因及其亲本基因之间的串扰。

3. CircInteractome

网址：circinteractome.irp.nia.nih.gov/

数据规模：

预测 109 个 RBP 与 circRNA 的结合位点，覆盖 circBase 中所有 circRNA。基于 CLIP-seq 数据，识别 RBP 在 circRNA 反向剪切位点或侧翼序列的结合。提供 circRNA 特异性引物（Divergent Primers）和 siRNA 序列。

使用方法：

输入 circRNA 名称（如 “hsa_circ_0000234”）或宿主基因符号（如 “CUL2”）。

选择分析类型：

Circular RNA：查询 circRNA 基本信息及结合蛋白。

RBP on CircRNA：输入 RBP 名称（如 “HNRNPC”），检索与之结合的 circRNA。

结果页显示结合位点的基因组定位、RBP 功能注释及序列详情。

点击“Divergent Primers” 生成引物序列，用于 RT-PCR 验证。

4. RBPgroup

数据规模：整合 HEK293、HepG2 等细胞系的 327 套 CLIP-seq 数据，鉴定 RNA 调控元件。

通过非负矩阵分解（NMF）聚类 RBP，预测其组合调控模式。识别 RNA 靶标序列中的调控元件（如 miRNA 应答元件）。

使用方法：

上传 CLIP-seq 数据或输入基因名称（如 “TP53”）。

选择分析模式（如“RBP clustering” 或 “RNA motif enrichment”）。

结果页展示 RBP 聚类网络、调控元件序列及功能注释。

下载代码（GitHub）进行本地分析

网址：github.com/lulab/RBPgroup

1. miRanda

数据规模：预测 miRNA 与 mRNA、lncRNA 等的结合位点，覆盖人、鼠、果蝇等物种。

核心功能：

种子序列匹配：基于 miRNA 种子区（2-8 位）预测靶标。

多算法整合：结合 RNAhybrid、TargetScan 等工具提高准确性。

使用方法：

输入 miRNA 名称（如 “hsa-miR-34a”）和靶 RNA 序列（FASTA 格式）。

设置参数（如最小自由能阈值、种子匹配严格度）。

结果页展示结合位点的位置、热力学稳定性及保守性评分。

注册账号后可保存分析结果并跟踪更新。

网址：mirtoolsgallery.tech/mirtoolsgallery/node/1055 

2. CircNet 2.0

数据规模重新整合了来自circAtlas和MiOncoCirc数据库的circRNA，以及来自从癌症基因组图谱(TCGA）数据库的新circRNA；重新整合了来自circAtlas和MiOncoCirc数据库的circRNA，以及来自从癌症基因组图谱(TCGA）数据库的新circRNA；、数据更准确，整合了来自miRTarBase数据库的384,897个经实验验证的miRNA-靶基因相互作用数据；数据更全面，新版增加了2,268 个癌症样本数据。

使用方法：

输入RNA 名称，选择RNA种类，点击search

结果页展示互作网络拓扑图、表达量热图及功能富集分析。

点击“Export” 下载互作列表及序列文件。

网址：awi.cuhk.edu.cn/~CircNet/php/index.php